โครงสร้างของกองทันตแพทย์ กรมแพทย์ทหารบก ตาม อัตราการจัดเฉพาะกิจ กรมแพทย์ทหารบก แบ่งเป็น 3 แผนก ได้แก่ แผนกทันตกรรมป้องกัน แผนกทันตกรรมเคลื่อนที่ และแผนกทันตวิทยา แต่ปัจจุบัน กองทันตแพทย์ กรมแพทย์ทหารบก มีการปรับโครงสร้างการบริหารและควบคุมบังคับบัญชาให้สอดคล้องกับภารกิจ ดังนี้

คณะกรรมการกองทันตแพทย์ กรมแพทย์ทหารบก : มีหน้าที่ พิจารณา ตัดสินใจ ควบคุม กำกับ ดูแล ภารกิจต่างๆของหน่วย

คณะกรรมการ/คณะทำงานเฉพาะด้าน : มีหน้าที่ในการดำเนินงานตามภารกิจที่ได้รับมอบหมาย อาทิ
1. คณะกรรรมการพิจารณาคุณลักษณะเฉพาะสิ่งอุปกรณ์ทางทันตกรรม
2. คณะทำงานจัดทำหลักนโยบายบริการทันตกรรม
3. คณะกรรมการดำเนินงานรางวัลการพัฒนางานประจำ สู่งานวิจัย (R2R) ฯลฯ

ฝ่ายอำนวยการ : มีหน้าที่
1. กำหนดนโยบายและกำกับติดตามงานทันตกรรม หน่วยสายแพทย์
2. การรวบรวมและวิเคราะห์ข้อมูลและสถิติด้านงานทันตกรรมหน่วยสายแพทย์
3. การจัดทำคุฯลักษณะเฉพาะสิ่งอุปกรณ์ทางทันตกรรม การสอน การฝึกอบรมและการทดสอบด้านทันตกรรม
4. การวิจัยทางทันตกรรม ฯลฯ

กลุ่มงานทันตกรรมเคลื่อนที่ : มีหน้าที่ในการจัดชุดทันตกรรมเคลื่อนที่ ออกให้บริการทางทันตกรรม ทั้งการรักษาและส่งเสริมทันตสุขภาพ

กลุ่มงานคลินิกทันตกรรม : มีหน้าที่ในการให้บริการทางทันตกรรม ทั้งการรักษาและส่งเสริมทันตสุขภาพ ในคลินิกทันตกรรม สถานพยาบาล กรมแพทย์ทหารบก

กลุ่มงานธุรการและกำลังพล : มีหน้าที่ด้านงานธุรการ กำลังพล และการจัดการสารสนเทศของหน่วย

กลุ่มงานส่งกำลังและซ่อมบำรุง : มีหน้าที่ด้านงานส่งกำลังบำรุงของหน่วย การรวบรวมข้อมูล สป.ทันตกรรมหน่วยสายแพทย์